Комисията за финансов надзор стриктно спазва разпоредбите на Закона за защита на класифицираната информация при осъществяване на своите правомощия. Членовете на регулатора, включително председателят на комисията Стоян Мавродиев, имат право на достъп до информация, класифицирана като служебна тайна по смисъла на Закона за защита на класифицираната информация (ЗЗКИ), което им позволява да упражняват законоустановените си правомощия.

През октомври 2011 г. е направена планова проверка от ДАНС на дейността на КФН по спазването на ЗЗКИ. Констатациите от проверката са, че Комисията стриктно изпълнява изискванията на закона и дейността й отговаря на най високите стандарти за запазване на сигурността на информацията.

От юни 2010 г., когато е избран настоящият състав на Комисията за финансов надзор, тя, като колективен орган, не е вземала решения на базата на документи, които съдържат класифицирана информация в т.ч. не са постановявани откази за издаване на лицензи на инвестиционни посредници поради получена класифицирана информация.